La segunda ciudad más importante de Perú también fue la primera en acoger el Dakar en 2012. El campamento se instaló de nuevo aquí en 2013 y 2018, pero esta edición será la primera estancia más larga. Los equipos de asistencia y parte del equipo de organización permanecerán aquí mientras los competidores disputan la etapa maratón. La jornada de descanso también tendrá lugar en Arequipa. Antes de reanudar la carrera (etapa 6), durante la jornada de descanso, por la tarde, las motos y los quads realizarán un enlace hasta un campamento cercano a la salida de la especial.
